Director
D. Antonio Marcial Escudero Lirio
(Biología Vegetal y Ecología)
Unidad Promotora
Departamento de Biología Vegetal y Ecología
Impartición
Del 22/06/2020 al 26/06/2020
Modalidad
Presencial
Idioma de impartición
Español
Lugar de impartición
TIC
Preinscripción
Del 01/04/2020 al 15/04/2020
Matrícula
Del 01/05/2020 al 20/05/2020
Objetivos
El objetivo principal de este curso consiste en mostrar una batería de aplicaciones potenciales de la NGS por parte de investigadores que actualmente están trabajando con ellas. Al tratarse de un curso introductorio no se busca una formación compleja ni profunda en una técnica específica, sino dar una visión amplia de muchas de las aproximaciones posibles. El asistente a este curso deberá terminar con la sensación de haber conocido las técnicas y sus aplicaciones, con la finalidad de poder valorar cuáles puede ser interesantes para su investigación y sobre cuáles profundizar en etapas posteriores.
1. Dar información actualizada sobre las diferentes técnicas de NGS y sus aplicaciones, potencial y complejidad.
2. Proporcionar una formación básica sobre los principales softwares para cada una de las técnicas, en el tratamiento de datos y cómo ampliar sus conocimientos. Esto incluye desde el análisis de la calidad, edición y análisis de los archivos, hasta la interpretación de resultados. Pretendemos que, con esta base, el alumno pueda formarse posteriormente si le interesara un aspecto concreto de los abordados (por ejemplo, asistiendo a cursos de especialización o de manera autodidacta).
3. Favorecer el contacto entre alumnos interesados en técnicas específicas con docentes y personal especializado, para posibles colaboraciones o formaciones.
Competencias
- Uso de técnicas de NGS
- Tratamiento de datos genómicos
- Bioinformática de genomas
Procedimiento de evaluación
Asistencia, Evaluación con actividades en el aula de ordenadores
Requisitos
Requisitos específicos de admisión a los estudios
- Grado o licenciado en Biología, Ciencias Ambientales o similar.
Criterios de selección de alumnos
- Evaluación del CV académico de los solicitantes.
Módulos / Asignaturas
Modalidad de impartición: Presencial
Fechas de inicio-fin: 22/06/2020 - 23/06/2020
Horario: Lunes Mañana y Tarde, Martes Mañana
Contenido
Presentación del curso e introducción a las técnicas de Next Generation Sequencing. Instalación de software específico y familiarización con el entorno Linux. Perdiendo el miedo a los datos. Edición y calidad de la secuenciación. Ejecución de pipelines sencillas.
Modalidad de impartición: Presencial
Fechas de inicio-fin: 23/06/2020 - 24/06/2020
Horario: Martes Tarde, Miércoles Mañana y Tarde
Contenido
Transcriptómica y expresión. Ensamblaje de novo y análisis filogenéticos-filogeográficos. Análisis de múltiples genomas. Metagenómica y 16S
Modalidad de impartición: Presencial
Fechas de inicio-fin: 25/06/2020 - 26/06/2020
Horario: Jueves Mañana y Tarde, Viernes Mañana y Tarde
Contenido
Buscando polimorfismos en el genoma. RAD y GBS y sus aplicaciones. Buscando polimorfismos en el genoma. Aproximaciones de captura génica y genotipado de SNPs. Análisis de elementos repetitivos del genoma. Discusión general y cierre del curso.
Profesorado
Personal Académico
- D. Antonio Marcial Escudero Lirio . Universidad de Sevilla - Biología Vegetal y Ecología
- D. Francisco Balao Robles . Universidad de Sevilla - Biología Vegetal y Ecología
- D. Rafael González Albaladejo . Universidad de Sevilla - Biología Vegetal y Ecología
Profesorado
- D. Alfredo García Fernandez . Rey Juan Carlos - Biología y Geología y Física y Química Inorgánica
- Dª. Andrea Sánchez Meseguer - Real Jardín Botánico de Madrid (CSIC)
- D. Antonio Marcial Escudero Lirio . Universidad de Sevilla - Biología Vegetal y Ecología
- D. Carlos Lara Romero . Rey Juan Carlos - Biología y Geología y Física y Química Inorgánica
- D. Daniel Vitales Serrano - Instituto Botánico de Barcelona - CSIC
- D. Enrique Maguilla Salado - Investigador Postdoctoral de la Universidad de Sevilla
- D. Francisco Balao Robles . Universidad de Sevilla - Biología Vegetal y Ecología
- Dª. Irene Villa Machio - Real Jardín Botánico de Madrid (CSIC)
- D. Jose Carlos del Valle García - Investigador Postdoctoral de la Universidad de Sevilla
- D. María Razzauti Sanfeliu - INRA
- D. Rafael González Albaladejo . Universidad de Sevilla - Biología Vegetal y Ecología
- Dª. Sandra Sacristán Bajo . Rey Juan Carlos - Biología y Geología y Física y Química Inorgánica
- D. Santiago González Martínez - INRA
- Dª. Sara Martín Hernánz - Investigador Predoctoral de la Universidad de Sevilla
- Dª. Sonia García Giménez - Instituto Botánico de Barcelona - CSIC
- D. Vratislav Peska - Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic
- Dª. Yurena Arjona Fariña - Instituto de Productos Naturales y Agrobiología (IPNA-CSIC)